投稿过程
2022年12月28日 投AIChE
2023年01月05日 AlChE编辑认为方向不太符合期刊定位,建议投其他期刊
2023年01月06日 投CES
2023年02月05日 送审
2023年03月24日 收到审稿意见
2023年04月13日 回复审稿人并提交修改稿
2023年04月25日 论文接收
背景记录
今天是2023年04月26日,早上习惯性查看论文状态,发现论文接收了!心情开始激动!然后是开心,再是激动开心!!我的论文,第一篇属于我的论文accept了!!接着赶紧截图分享给老师,没想到我居然比老师先知道这个消息,哈哈。
平复一下心情,这篇小论文的接收之所以让人激动开心,在于这是我严格意义上的第一篇论文,从技能学习到论文接收,历时小两年。在这段历程里,我一步一个脚印地学习掌握这篇论文形成所需要的技能,过程当然是辛苦的,但回想起来发现自己走得还算扎实。
因此,我想在此记录自己第一篇论文形成过程的一些关键节点,既作经验记录,也作经验分享,这是我一贯喜欢做的事情。
下面我将从课题来源、python及数学学习、实验设计、论文思路建立、论文写作、回复审稿人这几个部分进行记录。
课题来源-本科毕业设计
2020年疫情爆发的那个春节,我除了需要担心身体健康,还忧心我的毕业论文设计是否能正常开展。作为一名化工专业的本科生,毕业设计一般需要到实验室做实验,我的课题也是如此。然而因为疫情,我并不能返校做实验,只能在线上做一些文献调研的汇报。幸运的是,我的导师安排了一位博士后负责我的毕业论文,我暂且称呼他为小老师。
在接近四月份时,小老师决定帮我更换课题,由化学实验换成模拟计算实验。这意味着我需要学模拟计算的软件——python,虽然我心知自己对计算机语言并不对付,但自己心里实际并不慌。当即找陈艺荣博士学习如何入门python。于是产生我的第一篇关于python的博客。
【python新手上路】-从打开文件开始
一名本科生的毕业论文要求并不高,只要能完成基本的文献阅读、文献翻译、实验设计与实验描述即可。小老师让我细啃一篇论文,这篇论文涉及很多我不知道的专业描述、还有一堆数学公式。小老师给我一周时间,并说他当初啃这篇文献啃了一周时间,把每个细节都扒下来,所以建议我每天起码要花八个小时在这上面。
虽然数学很差,专业背景也很弱,但我尽可能地去理解那篇文献,踏踏实实将公式推导一遍,将文献各部分内容在PPT上用自己的话再表达一次。
后来又用这种方式细细扒拉了几篇重要文献,初步定下我的工作内容就是:基于文献,建立模型,然后使用控制变量法改变模型参数,研究模型参数对模型本身的影响。
考虑到离毕业设计论文提交不到两个月的时间,因此建立模型的过程中,我首先研究了师姐的一份代码,在此基础上,与陈艺荣博士快速讨论模型思路,定下代码算法主体结构,开展大范围的模型实验,将实验数据图形化。这便是我关于python学习第二篇博客的来源。
【python学习】-matplotlib图形设置(线宽、标签、颜色、图框、线类型、图例大小位置、图框大小及像素等)
最后毕业论文洋洋洒洒写了三万多字,绘制图形上百张,最后论文有幸评上了学校优秀毕业论文。不过在这期间我仅掌握了python的绘图能力,对于python语言的基本逻辑仍没有学习理解。此外,模型也很简单,所以毕业设计的成果最后没能形成一篇论文。这是我第一篇论文最原始的技术基础。
python及数学学习
2021年3月,考研一年并上岸后,我在研究生开学前再次拾起这个课题,花了一段时间学习python的语言基础(书籍:python编程:从入门到实践),用自己的思维深入理解python的语言,深感计算机语言的神通!
在毕业设计模型的基础上,小老师希望我能将传质融入模型,建立传质动力学模型。于是,我开始调研是否存在该类型的文献,思考别人的模型是怎么建立的,传质与动力学之间通过什么来联系,模型怎么解等类似问题。同时补了一些数值分析的数学知识,学习如何解偏微分方程组,如何使模型得到稳定解(书籍:偏微分方程数值解法)。深入理解模型本身,将传质动力学的过程数学化。(书籍:电化学方法原理和应用)
实验设计
调参阶段
花了大概一个月时间建立模型并确定求解方法(有限差分法)后,进入模型调参阶段。然而初入计算领域的我,不知超算是什么,硬是用了自己的笔记本电脑度过了这个漫长的阶段,调一次参数需要七八个小时才出结果,电脑CPU温度常常高达六七十度。终于有一次晚饭,跟陈艺荣博士随口说了一下,才真正开始用上超算资源,并学习了linux常用命令。调参阶段需要理解模型内部机制,不是乱调,而是有方向地调参。
实验阶段
确定参数后,设计好整个实验逻辑框架,用python语言搭建起来,批量进行实验。多参数多变量交叉实验最适合使用argparse.ArgumentParser()函数进行传递参数,一个命令行进行一个实验,非常方便!
图形化阶段。由于我的目的在于研究各变量对模型本身的影响,同时各变量之间又存在联系,想要将这层关系研究透彻并从中剥离出原理,需要多方向地展示实验结果,从图形中分析。于是将实验数据横向、纵向结果均进行图形化,绘制了多种图形类型(一维、二维、三维图形),产生一系列博客。需要注意的是,图形最终是为了我们想要表达的结果或者想要解决的问题所服务,切忌仅是为了图好看而作图。我绘制了很多图,但五分之四的图仅服务于我的分析理解过程,并不在论文中展示。
【python学习】-用matplotlib实现将二维数据绘制为三维图形(三维多线图)
【python学习】-matplotlib绘制双Y坐标轴图形
【python学习】-matplotlib绘图如何将坐标轴刻度值设置为科学计数法形式
【python学习】-matplotlib绘制二维颜色填充图(contourf)及colorbar,坐标轴刻度字体大小等相关设置
【python学习】-多张三维图共用一个colorbar(matplotlib绘制)
【python学习】三变量线图处理(在一张图上执行plt.plot()与散点图plt.scatter())
【python学习】matplotlib绘制双坐标柱状图及柱线图
【python学习】matplotlib绘制多子图-plt.subplot()函数
【python学习】matplotlib绘制对数坐标图(保留原数值)
【python学习】-matplotlib绘制双坐标柱状图
【python学习】-matplotlib绘制三Y轴图形及其格式优化
论文思路建立
最初基于实验设计过程,小老师给我建立了一个大概的思路,按讨论的参数粗略划分几个小节。在对实验结果分析前,我并不理解几个小节之间的内在联系,难道我还是像本科那样,仅仅是描述,说一下独立变量对模型有什么影响吗?那我这个课题的意义在哪里,我感觉很迷茫、纠结。(这里后面经历研二导师给我的指导后,我逐渐学会如何建立一个思路并围绕这个思路去思考解决问题,这是我在研一时未具有的能力)
带着迷茫,我开始书写论文的初稿。书写过程中对实验结果再次进行深入分析,结合图形化结果分析思考参数对模型产生影响的背后机制,形成了一份内容非常冗余且粗略的初稿。
论文写作
将论文初稿转交给小老师,老师表示很头疼,因为内容太多、太重复,且想要表达的东西并不确定(老师原话:I totally can not understand what you mean? I tried my best to understand it, but I failed. Express you idea directly)。因此进入完整的思路建立环节,根据已有的结果,对论文结构进行精炼,删除不必要的内容,提取出创新点,并围绕创新点进行思路建立。这部分工作本应是我做的,但我实在改不动,只能寻求老师的帮助,在小老师的指导下,将实验结果与讨论区分开,围绕着所要论证的内容,重新绘制论文图形,提供论据。(老师原话:We have to state our contribution to the scientific filed. What do the readers obtain from your publication? What idea do you want to convey? Each section is not isolated. They should serve the whole statement, otherwise they should be supplementary.)
图形、文本细节、参考文献处理。在确定论文图形的过程中,需要统一所有图形的大小、像素、字体、字号、x,y坐标轴间隔数量等细节,统一所有变量的单位表示方式,物理量在正文及图形中需要用斜体。细看期刊要求,根据要求来完善。
完善支撑文件。支撑文件的图形、表格均需要在正文中有所提及,作用就是进一步提供支撑证据。同时,正文中未提及的模型细节需要补充说明,比如参数设置、模型稳定性测试、参数说明等。
绪论图及摘要图绘制。根据对模型的理解,初步设计绪论图,在这过程里,多次美化图形。摘要图则与论文的创新点密切相关,使用简单的图形,简明扼要地表达创新点。(论文online后可以补充图形)
回复审稿人
论文投出两个月后,收到两位审稿人的意见,总体来讲比较积极,主要问题是需要检查论文的语法时态、补充说明参数设置的来源、模型稳定性测试、在github公布代码以及根据审稿人提出的一些好奇性的问题,补充一些实验。回复审稿人时需要礼貌,客气,严谨,完整,详细回答审稿人的问题!
总结
总的来讲,第一篇论文的形成过程使我在技术上、思想上得到了很大的提升。这个过程离不开两位导师的积极指导以及陈艺荣博士提供的技术与超算资源支持。回头发现科研并不易,但我似乎一直能踏实地坚持走每一步,所以也感谢努力的自己。这篇博客,可以看成我在目前节点下的一个故事,我将它记录下来,警醒以后的自己莫忘初心,保持热情,勇敢向前。
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