论文阅读112：CaMIL: Causal multiple instance learning for whole slide image classification (2024AAAI)

1要点

题目：用于WSI分类的因果多示例学习

方法：提出用于WSI分类的因果多示例学习 (MIL) 框架CaMIL，其利用因果推断处理MIL中的虚假关联问题：

1. 将实例编码为实例级特征，并聚合为包级特征 (基操)；
2. 引入交叉注意力，将聚类级特征与包级特征融合，增强了全局信息集成；
3. 实验数据集：Camelyon16和TCGA-NSCLC；

背景：

1. WSI是自动病理分析中的关键组成，其挑战在于WSI的高分辨率和缺乏实例级标签；
2. 已有的方法通过配备出色的特征提取器和聚合器来训练模型，但容易受虚假关联的影响；

2 方法

2.1 一些定义

令$S_i=\{(p_{i,1},y_{i,1}),\dots ,(p_{i,n},y_{i,n})\}$表示包，其中 y i , j ∈ { 0 , 1 } y_{i,j}\in\{ 0,1 \} yi,j​∈{
0,1}是实例$p_{i,j}$的标签。我们只有访问包标签的权力，其被定义为：
$$Y_i=\{\begin{array}{rl}0,& iff\sum _j{y}_{i,j}=0,\\ 1,& otherwise.\end{array}\text{\hspace{1em}(1)}$$

传统MIL的过程如图2上，其可以被表示为：
$${\hat{Y}}_i=h(g(x_{i,1},\dots ,x_{i,j},\dots ,x_{i,n})),x_{i,j}=f(p_{i,j}),\text{\hspace{1em}(2)}$$其中$f(\cdot )$表示实例级特征提取器、$g(\cdot )$表示聚合器，以及$h(\cdot )$表示分类器。

  图2：CaMIL总体架构。图的上半部分表示传统MIL，下半部分表示CaMIL的关键部分：实例级特征被聚类为簇，并池化为相应的特征。接下来，交叉注意力被用于融合这些特征和包级别特征$Z$，以获取更好的包表征和因果建模。注意实例级特征将会不断更新

2.2 CaMIL

CaMIL因果建模的过程如图3：

1. 计算$X\to Z$的因果效应：
   $$P(z|do(x))=P(z|x),\text{\hspace{1em}(3)}$$其中$do(\cdot )$表示因果推断；
2. 计算$Z\to Y$的因果效应：
   $$P(y|do(z))=\sum _{x}P(y|z,x)P(x)\text{\hspace{1em}(4)}$$
3. 计算$X\to Y$的因果效应：
   $$P(y|do(x))=\sum _{z}P(z|x)\sum _{x^{\prime }}P(y|z,x^{\prime })P(x^{\prime }).\text{\hspace{1em}(5)}$$注意这里只是示意因果建模过程，算法的详情可以参见图2和下一章节；$x^{\prime }$是实例特征的聚类表示
   
     图3：用于解释MIL的因果图：(a) $X\to Z$的因果效应，黑色点划表示闭锁路径；(b) $Z\to Y$的因果效应，红色链接表示后门路径； $X\to Y$的因果效应

2.3 框架

包中实例编码后的实例级特征为 { x i , 1 , … , x i , j , … , x i , n } \{x_{i,1},\dots,x_{i,j},\dots,x_{i,n}\} {
xi,1​,…,xi,j​,…,xi,n​}。通过结合聚合器$g(\cdot )$，可以将实例级特征转换为包级特征$z=g(x)$，其对应公式5中的$P(z|x)$。此时，公式5可以被重写为：
$$\begin{array}{rl}P(y|do(x))& =\sum _{x^{\prime }}P(y|z=g(x),x^{\prime })P(x^{\prime })\\ & ={\mathbb{E}}_{x^{\prime }}[P(y|z,x^{\prime })].\end{array}\text{\hspace{1em}(6)}$$目前的问题在于，如何解决${\sum }_{x^{\prime }}P(y|z,x^{\prime })P(x^{\prime })$。

接下来，引入实例缓存来存储所有实例级特征，但是这样将耗费巨大的计算资源。一种合理的做法是使用$K$-means将它们划分为$k$簇。由于每个簇代表着共享相同信息的实例的子集，因此其捕捉了用于包分类的本质信息。通过平均每一个簇，获得所有簇的池化表示$x^{\prime }=[x_1^{\prime },x_2^{\prime },\dots ,x_K^{\prime }]$。

接下来，交叉注意力被用于融合$Z$和$x^{\prime }$：
$$\varphi (z,x^{\prime })=\left[P(x^{\prime })\cdot Softmax\left(\frac{(W_{q}z{)}^{\top }(W_k{x}^{\prime })}{\sqrt{d}}\right)\right](W_v{x}^{\prime }),\text{\hspace{1em}(7)}$$其中$W$是线性映射，$d$是特征维度。这里设置$P(x^{\prime })=1/K$，表示等同看待每个簇。随后，拼接包级特征和融合特征，再使用NWGM来近似期望并完成因果建模：
$$P(y|do(x))\approx P(y|z\oplus \varphi (z,x^{\prime }))。\text{\hspace{1em}(8)}$$在本文中，$f(\cdot )$可以选用ResNet等预处理器、$g(\cdot )$是注意力网络等，以及$h(\cdot )$是多层感知机。